במהלך הלימודים בחטיבת הביניים נקנה לתלמידים מיומנויות חברתיות רגשיות ומיומנויות קוגניטיביות. בכל שליש נעבוד על מיומנויות אחרות. המיומנויות החברתיות והרגשיות יוקנו על ידי המחנכות והמיומנויות הקוגניטיביות על ידי המורות ללשון. כל המיומנויות יתורגלו ויוטמעו בכל מקצועות הלימוד.
המיומנויות הקוגניטיביות בכל שכבה הן:
שכבת ז' – הבנת הנקרא; שאילת שאלות; השוואה והסקת מסקנות.
שכבת ח' – אבחנה בין עיקר וטפל; חשיבה ביקורתית; כתיבת טיעון.
שכבת ט' – חשיבה יצירתית ופתרון בעיות; מידענות; מיזוג.
