פדגוגיה הינה תהליך חינוכי הנושא מטען ערכי-חברתי-רגשי ומתרחש בין כותלי בית הספר ומחוצה לו. הפדגוגיה מהווה את גרעין הסיפור הבית ספרי, את השלד העלילתי שלו ואת המנוע להתפתחות העלילה. בית הספר תיכון חדש דוגל בפדגוגיה ערכית וחברתית מבוססת רגש.
בית הספר שם דגש על הרצף השש שנתי ורואה את התהליך שעובר/ת תלמיד/ה מכניסתו לבית הספר ועד סיימו את חוק לימודיו. לאורך הרצף השש שנתי הפדגוגיה הבית ספרית נסמכת על עקרונות של שילוביות ושיתופיות מֵרְבִיּוֹת בין תחומי דעת, בין תוכניות פדגוגיות, חברתיות וייעוציות ובעיקר בין הא/נשים העובדים/ות בצוותים רבים ומגוונים.
התפיסה הפדגוגית הבית ספרית רואה את החוויה הרגשית והאינטלקטואלית כתשתית חיונית ליצירת למידה משמעותית, ומכירה בלמידה כסיפור של רגש.
גם הלומדים וגם המלמדים בבית הספר נמצאים בתהליך מתמיד של תנועה, שינוי והתפתחות מתוך שאיפה ליצור חינוך שווה (נגיש לכולם ואיכותי).